三年前的一場墜機意外，讓夏目智春的身旁，莫名其妙地多了由青梅竹馬水無神操緒變成的守護靈，不過兩人始終相安無事。就在智春要上高中時，突然來了個神祕的黑衣美女，交給他一只銀色手提箱。此後他的身旁就開始發生一些奇妙的事情，讓他開始發現這世界似乎不如他想像的那麼簡單，更就此喚醒了神祕的對抗惡魔武器「機巧魔神」......