六條壬晴是一個對周遭的人事物都漠不關心的中學生，可是他的體內卻隱藏著忍者的世界（也就是隱世）最強的秘術「森羅萬象」。 為了奪取這種無與倫比的力量，源自伊賀忍者的“灰狼眾”全體出動，誓言要將壬晴帶回伊賀之里。

另一方面，壬晴的英語教師雲平與壬晴的同學虹一都是萬天之里的忍者，他們的任務就是保護壬晴的安全。一場“森羅萬象”的爭奪戰將各方忍者卷入其中，壬晴若想恢複獨善其身的生活，唯一的辦法就是成為隱王！但宵風找到他要求他為了自己使用森羅萬象，壬晴考慮同意了。於是進入隱世世界，結識了一些夥伴，開始他的使命！