在遙遠的未來，在再一次重來的世界裏，因複雜的原因使人們除了神州以外的地方均無法生存及到達。為了能夠重返天上，人們決定重現前地球時代的曆史書“聖譜”中記載的曆史，希望能夠基於再現過去人們的曆史而能再次回到天上 。
可是來到中世紀之時，因為“聖譜”上的裝置发生了問題，使“聖譜”不再更新往後的曆史，對於為了對付過於嚴酷的環境而獲得力量的各國 ，各自朝神州侵略及占領了。但因為由他國完全支配神州並沒有曾經发生在曆史上，因此武力與政治的支配被神州拒絕，各國反而把作為教導組織的學校“教導院”進行政治軍事替換，暫定支配了各地。
把互相重合的中世紀世界作為舞台，學生們在學園國家間的抗爭正式開始了！
作為由八艘在空中飄浮的船艦所組成的武藏Ariadust教導院，當無能的武藏Ariadust學院的總長兼學生會長葵·托利，遇上了自動人形P-01s後，新的曆史與新的世界冒險便由此展開......