在俄羅斯，壹神秘女性秘密購買了大量細菌武器。並將其帶入日本，同時殺死了在日本的俄羅斯情報員。
而壹份關於病毒發起的恐怖事件計劃——『BLOODY MONDAY』的數據，此時被交到了日本公安調查廳手上。
彌代學院的學生高木藤丸是該校新聞部的成員，平時就是壹普通學生，但其真身，是幾年前曾震驚世界的黑客『ファ兒コン』。
父親高木竜之介是公安調查廳下的壹個秘密組織『THIRD-i』的成員。
某日，父親交給他壹份俄羅斯情報員留下的文件，讓他對此進行破解。文件內容與生化武器有關。
其後，其父就莫名的被通緝。而為了消除他手上的這份文件，壹神秘美女化身為學校老師折原マヤ走進了他的生活……
從此，藤丸與夥伴們就被卷入了大規模的恐怖事件中