舞台為死神武器職人專門學校，俗稱“死武專”。故事以稱為“鐮刀職人”摩訶‧亞爾邦（マカ/ Maka）與“魔鐮刀”Soul（ソウル=イーター/ Soul=Eater）為主線展開，而其餘各主角總共分為三組：分別是“暗殺者”Black Star（ブラック☆スター/ Black☆Star），“魔暗器”中務椿，和死神之子奇多（Death The Kid），“魔槍”莉絲湯普森＆帕蒂湯普森（リズ/ Liz & パティー/ Patty）。
這所學校是訓練培育“職人”和“武器”為目標，“職人”與“武器”需要組成一組行動。最終目標是要收集99個“死神名單”上的靈魂與1個魔女的靈魂，這樣“武器”就能成為死神大人專用的“Death Scythe”……