長年窩在房里的少年艾克斯，以及他的４名童年玩伴。隨著傳說神奇寶貝——伊裴爾塔爾與哲爾尼亞斯的出現，他們和平的日常生活突然宣告終結！紅衣軍團，以及神秘的手環！經曆謎團吸引謎團的事件之後，５人從故鄉踏上旅途！

艾克斯一行人抵達了大都市密阿雷市。就在眾人擔憂敵人不知會潛伏何處時，好不容易才抵達研究所，可是…接二連三明朗的超進化關鍵要素!!少年少女們的逃避之旅迅速進入佳境!!!