學園都市製宇宙升降機「恩底彌翁（Endymion，希臘神話中的恩底彌翁:埃特里俄斯俊美的兒子,為月亮女神塞勒涅所鍾愛。）」。
就在這個設施即將完成之際，上條與茵蒂克絲同無能力者（LEVEL0）少女·鳴護阿莉莎相遇了。
茵蒂克絲與阿莉莎在名為「旺盛食欲」的謎團上找到了共同語言，因此意氣相投。就在三人於放學後遊玩時，遭遇了帶著魔法師而來的史提爾发起的突然襲擊。其目標，便是阿莉莎。為什麽身為科學側一方的她會遭遇魔法側的襲擊？在遭遇魔法側強襲後，學園都市一側，女性領袖·夏特阿舞拉所率領的安保部隊展開了行動。
就在上條與茵蒂克絲，以及阿莉莎被卷入進的狀況弄得雲里霧里時，史提爾這麽說道： 「那兒的妹子，可能會引发魔法側與科學側之間的戰鬥」
科學與魔法交會之時，以「恩底彌翁」為舞台的故事開始了——